Istota sporu w rozpoznawanej sprawie dotyczyła tego, czy w świetle art. 134 § 1 i art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 poz. 935, dalej: p.p.s.a.) kontrola sądowa postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług naliczonego nad należnym obejmuje także poprzednie wydane za ten sam okres podatkowy postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług naliczonego nad należnym, w sytuacji gdy nie zostały one zaskarżone i tym samym nie zostały wyeliminowane z obrotu prawnego. 

Odwołując się do treści wskazanych przepisów Naczelny Sąd Administracyjny wyjaśnił, że każde kolejne przedłużenie terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego za dany miesiąc stanowi odrębną sprawę w rozumieniu art. 134 p.p.s.a. Każde z postanowień przedłużających termin zwrotu podatku VAT stanowi odrębne rozstrzygnięcie, które może zostać oddzielnie zaskarżone. Jednocześnie NSA uchylił wyrok sądu pierwszej instancji i postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, bowiem uznał, że termin do zwrotu różnicy podatku może być przedłużany, ale tylko wówczas, gdy przed jego upływem kolejne wydawane w sprawie postanowienia przedłużające termin zwrotu zostały doręczono podatnikowi przed upływem uprzednio wyznaczonego terminu. Takie stanowisko zaprezentowane zostało w szczególności w wyroku NSA z 23 kwietnia 2018 r., I FSK 255/17, wydanym w składzie siedmiu sędziów NSA.

Wątpliwości nie budzi bowiem, że upływ terminu określonego w art. 87 ust. 2 i ust. 6 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. (Dz. U. z 2017 r. poz. 1221 ze zm.) wywołuje skutek materialnoprawny w postaci nabycia przez podatnika prawa do zwrotu różnicy podatku w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej. Materialnoprawny charakter terminów określonych w art. 87 ust. 2 w związku z ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług oznacza, że po ich upływie organ podatkowy traci uprawnienie do przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku. Skuteczne przedłużenie terminu możliwe jest jedynie przed jego upływem. Próba przedłużenia terminu po jego upływie jest nieskuteczna, nie ma bowiem możliwości przedłużenia terminu, który upłynął.

Konsekwencją powyższych twierdzeń jest stanowisko, że przerwanie ciągłości w przedłużaniu terminu zwrotu nadwyżki podatku powoduje, że jakiekolwiek dalsze czynności procesowe, w szczególności wydanie kolejnych postanowień o przedłużeniu terminu tego zwrotu, nie mogą być prawnie skuteczne. Innymi słowy, wystarczy, że jedno z wcześniejszych postanowień o przedłużeniu terminu zwrotu VAT zostało wydane lub doręczone po terminie zwrotu podatku, to kolejne postanowienia nie mogą skutecznie przedłużać terminu zwrotu podatku za ten sam okres. 

Link do wyroku I FSK 905/21